Hợp tác chuyên môn là một trong những nhiệm vụ quan trọng của phòng khám đông y số 1. Hoạt động này đã góp phần thúc đẩy sự phát triển khoa học kỹ thuật và là cơ hội để giao lưu, trao đổi kinh nghiệm với các Trung tâm y học cổ truyền trong và ngoài nước.

Phòng khám đã thiết lập quan hệ và tiếp xúc, trao đổi với các nhà thuốc, trung tâm thừa kế y học cổ truyền, trung tâm nghiên cứu dược liệu trên toàn quốc.  Đặc biệt, hàng năm đơn vị đều tổ chức hội nghị trao đổi học thuật với một số bệnh viện hoặc chuyên khoa y học cổ truyền tại Việt Nam.

Trung tâm cũng thường xuyên cử cán bộ nghiên cứu, đội ngũ y bác sĩ đi học tập và nâng cao trình độ chuyên môn tại các cơ sở đào tạo y học trong và ngoài nước. Trong thời gian tới công tác hợp tác chuyên môn của Trung tâm sẽ tiếp tục được chú trọng nhằm giúp cho hiệu quả công tác khám chữa bệnh ngày càng được tăng lên.